返信ありがとうございます。
カスタムISOからインストールしたESXiに含まれるvmtoolsをインストールしています。
vmtoolsのバージョンアップとなるとモジュールをローカルのフォルダにダウンロードして、setup.exeを起動してアップグレードする
方法になりますでしょうか。
根本の解決ではないですが、ESXiをU3eからUpdate３のインストールし直したところ、正常にマウスが表示されました。
vmtools 10.0.9
ちなみにマウスが表示されないOSは、WindowsServer 2012R2STDと2016になります。
vmtools10.1.10以降のリリースノートを見ても、マウスカーソルが消えるバグはなかったので、U3eのバグのような気もしています。